2019年10月，南开大学和深圳市福田区人民政府签署战略合作协议，聚焦生物医药领域开展深度合作。2020年6月，经深圳市事业单位登记管理局批准，正式成立南开国际先进研究院（深圳福田），是南开大学直属机构、福田区事业单位独立法人机构。先进研究院首任院长为南开大学原校长曹雪涛院士，首任执行院长为南开大学原副校长王磊教授。现任院长为南开大学党委常委、副校长方勇纯教授。2024年1月，南开大学与深圳市福田区人民政府重新签署战略合作协议，共建南开国际先进研究院（深圳福田）。

先进研究院是南开大学和深圳市福田区政府共建的以推动生物医药创新应用为宗旨的研究院所，落户在深圳市河套深港科技创新合作区。先进研究院坚持“四个面向”，以药物化学生物学全国重点实验室为支撑，重点围绕药物及疫苗、疾病检测及诊疗、生物材料、合成生物学、人工智能在生物医药中的应用等方向开展基础研究、技术创新及成果转化。

近年来，以习近平总书记为核心的党中央高度重视河套深港科技创新合作区建设，明确指示要规划建设好河套深港科技创新合作区。国务院于2023年8月印发《河套深港科技创新合作区深圳园区发展规划》，明确指出要推动生物技术与信息技术、材料技术交叉融合，打造汇聚全球智慧的科技合作平台。支持深港在科技项目、人才培养、创业孵化、科技金融、国际技术转移等各个方面开展深度合作，打造原始创新和重要的新技术策源地。学校和先进研究院积极落实总书记指示精神，把握国家战略重大发展机遇，积极主动融入河套深港科技创新合作区发展规划。将药物化学生物学全国重点实验室这一国家级平台与先进研究院同步运行发展。以校内基础研究为支撑，以先进研究院技术攻关、成果产业化为重点，将基础研究与产业发展相结合，推动课题研究与市场化运营深度融合，建立起“基础研究+技术攻关+成果产业化+产品市场化+科技金融+人才支撑”的全过程创新生态链。先进研究院加强与在深南开校友与校友企业的合作交流，立足深圳市产业发展需求，依托已有科研成果和在深校友资源，深入推进产业化合作。

下一步，南开国际先进研究院将以“允公允能、日新月异”的校训精神为指引，充分发挥“双一流”建设高校的使命担当，深度聚焦深圳市“十五五”时期发展需求，紧抓河套深港科技合作区发展的历史机遇，努力建设成为原始创新策源地、关键核心技术发源地、科技成果产业化最佳地、科技金融深度融合地、一流科技创新人才向往的集聚地，成为世界一流的新型研究机构。